Los años 1990 se dedicaron a la restauración de la torre de los Jacobinos (tour des Jacobins) y de las fachadas del palacio del gobernador principal (Grand Gouvernement) (XV/XVII) y de la torre de la Corona de oro (tour de la Couronne d'or) (XV). El edificio de los Arreos (Harnachement) (XVIII), rehabilitado en 1997, se dedicó a exposiciones temporales.
Los años 2000 fueron testigos de la renovación de las fachadas de piedra tuffeau blanca del edificio principal (Grand Logis) (XV), las partes más antiguas y más emblemáticas del edificio, que emparentan al Castillo de los duques de Bretaña con los castillos del Loira; la restitución del campanario y de las agujas encima de la torre de la Corona de oro (tour de la Couronne d'or); la habilitación interior de la totalidad de la residencia ducal para la instalación del museo.
La restauración permite apreciar plenamente el poder de la fortaleza feudal bretona y la elegancia de la residencia ducal de inspiración renacentista.
En la actualidad, el conjunto de la residencia ducal está accesible al público.
Con las salas de recepción y de exposiciones temporales en el edificio de los Arreos (Harnachement), esto representa más de 5.000 m² de espacio público.
La preocupación por otorgar accesibilidad también ha servido de guía para la restauración: el Castillo de los duques de Bretaña es un ejemplo raro en Francia de accesibilidad para las personas con movilidad reducida en un edificio del siglo XV transformado en museo.