Trois objectifs ont guidé la restauration :
- conserver et mettre en valeur les bâtiments qui n'avaient jamais fait jusqu'alors l'objet d'une restauration globale ;
- ouvrir le maximum d'espaces au public ;
- rendre lisibles toutes les parties de l'édifice.
Le Château des ducs de Bretagne est un édifice complexe qui a connu plusieurs étapes de constructions et subi différents dommages et transformations. La restauration a pris clairement le parti de sauvegarder les traces des transformations et des utilisations successives survenues au cours des siècles et de les rendre lisibles.
Ce n'est donc pas « le Château de la duchesse Anne » qui a été reconstruit en gommant les étapes intermédiaires.
Une question essentielle s'est posée : fallait-il restaurer les bâtiments en revenant à l'état originel du 15e siècle ou conserver l'aspect hétérogène de l'ensemble ?
Un parti a été adopté : chaque élément a reçu un traitement particulier en fonction de la nature des modifications qui lui ont été apportées au cours des siècles. Respecter cette évolution a été considéré comme primordial afin de montrer et de transmettre l'histoire inscrite dans les murs du monument.
C'est ainsi que la partie du 15e siècle qui n'a pas été transformée à l'exception de ses lucarnes fait l'objet d'une restauration à l'identique. Pour le Grand Gouvernement qui a subi à la fois des dommages et une reconstruction sous Louis XIV, la restauration actuelle respecte, selon les éléments, à la fois l'état d'origine du 15e siècle, l'étape architecturale de la période classique et la restauration propre au goût du début du 20e siècle.