La sauvegarde du tuffeau a été l'une des interventions majeures de la restauration. Le tendre tuffeau de Loire qui a triomphé dans la construction des 15e et 16e siècles est en effet soumis à une maladie de la pierre, la "desquamation en plaques" : plus perméable que ses voisins, le granit et la pierre de Saint-Savinien, il s'est en effet dégradé plus vite.
L'architecte Pascal Prunet, avec le laboratoire des Monuments Historiques, a joué un rôle précurseur pour la mise au point de méthodes de protection, telles que le dessalement et la consolidation.
Chaque élément de décor mouluré ou sculpté a fait l'objet de soins élaborés selon un protocole établi avec le laboratoire. Pour dessaler, on applique des compresses qui absorbent l'eau contenue dans la pierre selon un procédé par laine de roche projetée.
La société Lefèvre a mis au point le brevet Tollis qui permet dorénavant de traiter de grandes surfaces pour prévenir la migration des sels destructeurs. Une fois la pierre dessalée, séchée, on passe sur sa surface un badigeon de lait de chaux qui va l'isoler de la pollution, de l'humidité et de la pénétration du sel. Cet épiderme de protection va rendre le tuffeau plus résistant.
C'est la blancheur ouvragée des façades en tuffeau qui frappe le visiteur quand il pénètre dans la cour.
Celle-ci révèle la majesté et l'élégance d'un palais résidentiel
construit pour refléter le prestige ducal. Le Grand Logis est
caractéristique du gothique flamboyant de la fin du
15e siècle tandis que les loggias de la tour de la
Couronne d'or construites par Anne de Bretagne annoncent le style
Renaissance.