Aux 15e et 16e siècles, les souverains transportaient leurs meubles et leurs tapisseries au gré de leurs courts séjours dans les châteaux.
Les salles entièrement restaurées de la résidence ducale sont
nues et sans décor historique : le parti choisi a été de faire un
musée contemporain, discret par rapport à
l'architecture. La mise en scène met donc en valeur le monument
et les pièces de collection tout en intégrant les installations
multimédias.
La scénographie a été conçue par l'architecte Jean-François Bodin et son équipe. Celui-ci a réalisé, entre autres, l'aménagement du Musée d'Art moderne de la ville de Paris, le musée Matisse de Nice, le CAPC de Bordeaux... Il a souhaité donner l'impression d'une installation « nomade » détachée des murs avec un mobilier « mobile et minimaliste ».
La richesse de la pierre et des murs, le nombre d'œuvres à servir, l'ont conduit en effet à éviter une scénographie trop voyante ou trop attractive qui aurait rajouté une strate visuelle supplémentaire pour le visiteur. Les couleurs sont des camaïeux en harmonie avec les teintes de la pierre. La seule couleur franche introduite a été le rouge, pour la partie non muséale : celle de l'accueil du public.
Jean-François Bodin est également intervenu dans l'espace des
Jacobins qui accueille le grand ascenseur, axe central de
circulation avec l'escalier de la tour de la Couronne d'or. Sa
proposition architecturale a été de ne pas enfermer cet immense
vide de 26 m de haut en réintroduisant des planchers sur les
niveaux historiques. Le visiteur peut apprécier cette coupe
exceptionnelle dans un bâtiment du 15e siècle.