L'équipe du musée d’histoire a choisi de développer son programme d'expositions temporaires autour de trois mots-clefs qui viennent apporter un éclairage particulier sur les différentes thématiques développées dans le musée permanent.
En 2013 : « En guerres, 1914-1918 / 1939-1945, Nantes / Saint-Nazaire ».
À travers cette exposition, présentée du 23 février 2013 au 23 février 2014, le musée a choisi de présenter ce que la guerre est aux civils. Fruit d'une longue collecte, l'exposition sera accompagnée d'une riche programmation culturelle et scientifique.
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Toujours en ligne : les visites virtuelles et blog des expositions :
« Nantaises au travail du 18e siècle à nos jours », proposait de tordre le cou aux idées reçues. L'exposition présentait des parcours professionnels féminins à travers documents, témoignages filmés et portraits photographiques qui montraient la dimension actuelle d'un tel sujet (11 février > 20 mai 2012).
« Nantais venus d'ailleurs », la grande exposition présentée en 2011 au musée d’histoire de Nantes, consacrée à un siècle d’immigration à Nantes, de la Première Guerre mondiale à nos jours
«La Soie & le Canon, FRANCE-CHINE (1700-1860)», explore l’évolution du regard porté sur cet Extrême-Orient aussi lointain que fascinant en s’appuyant sur la présentation d’objets prestigieux prêtés par de grands musées dont le musée des arts asiatiques Guimet, partenaire du projet.
« La Mer pour Mémoire, archéologie sous-marine des épaves atlantiques », une exposition de l’association Buhez (association de 21 musées et écomusées de Bretagne), présentée à Nantes du 4 avril au 27 septembre 2009.
« Anne de Bretagne, une histoire, un mythe », produite par le musée d'histoire de Nantes, et présentée pendant la période estivale 2007.